Manga After God Jepang telah “diserang” oleh para dewa. Tokyo, tempat tinggal para dewa, telah dinyatakan sebagai “zona bahaya” dan ditutup rapat oleh pagar yang tidak bisa ditembus. Seorang gadis bernama Waka terus menatap melewati batas pagar. Waka datang ke Tokyo dari Saga untuk menemui temannya, tetapi di sana dia bertemu Tokinaga, seorang peneliti yang dengan waspada menjaga kota. Pertemuan inilah yang akan mengubah nasib dunia…